Cuenta con dos tramos de investigación (sexenios) reconocidos por la Comisión Nacional Evaluadora de la Actividad Investigadora. Ha sido Investigador Principal del proyecto de investigación del Plan Nacional I+D+I CSO2010-17849 “La estructura organizativa del terrorismo internacional: Análisis de su evolución y de sus implicaciones para la seguridad europea”. También ha sido director del proyecto de investigación “Conflictos presentes y futuros” de la División de Análisis del MADOC (cuyos resultados se utilizaron en la elaboración del documento PD3-301 Contrainsurgencia, del Ejército de Tierra español) y con anterioridad fue Research Fellow de la OTAN. Por otra parte, fue miembro del proyecto internacional Collective Expertise on Terrorism in Europe: Cross-Fertilising Scholarly and Intelligence and Law-Enforcement Approaches, financiado por el Programa AGIS de la Comisión Europea; y del proyecto de investigación ¿Acción comunicativa y comunicación política en el fenómeno terrorista. Estrategias para restar apoyos a los violentos¿, financiado por el Instituto Universitario ¿General Gutiérrez Mellado¿. También fue investigador del proyecto internacional ¿La question terroriste contemporaine: un détour par l¿ `ancien¿ pour comprendre le `nouveau¿¿, dirigido por el Instituto de Altos Estudios de la Seguridad Interior del Ministerio del Interior francés; y participó en el proyecto de investigación Understanding Terrrorism. Lessons of the Past¿Indicators for the Future, financiado por el Departamento de Defensa de los Estados Unidos. Su tesis doctoral, defendida en 2002, trató sobre la política de defensa española hacia los países del Magreb y obtuvo sobresaliente cum laude por unanimidad.

Es miembro del Grupo de Estudios en Seguridad Internacional (GESI): http://www.seguridadinternacional.es/

Javier Jordán es Profesor Titular del Departamento de Ciencia Política y de la Administración de la Universidad de Granada y director del Master en Estudios Estratégicos y Seguridad Internacional.

Ha sido investigador invitado en el Centro de Estudios Internacionales de la Universidad de Oxford (2001), en el Instituto Europeo de la London School of Economics (2002 y 2004), en el Instituto de Política Internacional del King¿s College of London (2003), así como en el Departamento de Sociología (2006) y en el Leonard Davis Institute for International Relations (2013) de la Universidad Hebrea de Jerusalén. Ha sido docente invitado para impartir seminarios sobre seguridad y defensa en el Instituto de Estudios Políticos de Burdeos y en la Universidad de La Sapienza en Roma. Ha participado como experto en terrorismo en el Project Interchange (Israel, 2007) y en el International Visitor Leadership Program del Departamento de Estado de Estados Unidos (2008).

Ha sido ponente invitado en el Centro Nacional de Inteligencia, la División de Formación del Cuerpo Nacional de la Policía; la Escuela de Policía de Cataluña; la Escuela de Guerra del Ejército de Tierra; las Academias Generales de los tres ejércitos (Zaragoza, Marín y San Javier); el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas; el Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional; la Agencia Brasileña de Inteligencia y en una veintena de universidades españolas. En 2010 participó como ponente sobre terrorismo internacional en uno de los seminarios dirigidos a la elaboración de la primera Estrategia Española de Seguridad.

Actualmente es miembro del Consejo de Dirección del Centro Mixto Universidad de Granada - Mando de Adiestrimiento y Doctrina del Ejército, e Investigador Responsable Universitario de la línea Escenarios de seguridad de dicho Centro. En 2009 participó en el grupo de trabajo ¿España ante los desafíos del terrorismo global¿ del Real Instituto Elcano. Ha sido miembro de los grupos de trabajo sobre Mediterráneo e Islam del Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional (CESEDEN) entre 1998 y 2002 y, de nuevo, en 2007 y 2010. También ha sido miembro de los grupos de trabajo del Instituto Español de Estudios Estratégicos en los años 2007, 2009 y 2011. En 2010 recibió la medalla al Mérito Policial con distintivo azul por su colaboración con la Policía de la Generalitat de Catalunya