Cuenta con tres tramos de investigación (sexenios) reconocidos por la Comisión Nacional Evaluadora de la Actividad Investigadora.

Javier Jordán es Catedrático del Departamento de Ciencia Política y de la Administración de la Universidad de Granada. Es director del podcast sobre estudios estratégicos Global Strategy.

Ha sido investigador invitado en el Centro de Estudios Internacionales de la Universidad de Oxford, en el Instituto Europeo de la London School of Economics, en el Instituto de Política Internacional del King¿s College of London, así como en el Leonard Davis Institute for International Relations de la Universidad Hebrea de Jerusalén y en el Instituto Español de Estudios Estratégicos. Fue docente invitado para impartir seminarios sobre seguridad y defensa en el Instituto de Estudios Políticos de Burdeos y en la Universidad de La Sapienza en Roma. Ha participado como experto en terrorismo en el Project Interchange en Israel y en el International Visitor Leadership Program del Departamento de Estado de Estados Unidos.

Ha sido ponente invitado en el Centro Nacional de Inteligencia, la División de Formación del Cuerpo Nacional de la Policía, la Escuela de Policía de Cataluña, la Escuela de Guerra del Ejército de Tierra, las Academias Generales de los tres ejércitos (Zaragoza, Marín y San Javier), el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas, el Centro de Inteligencia contra el Terrorismo y el Crimen Organizado del Ministerio del Interior, el Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional, la Agencia Brasileña de Inteligencia, la Facultad de Ciencias Sociales de América Látina (FLACSO) de Ecuador, el Instituto Superior para la Defensa del Ministerio de Defensa de la República Dominicana, así como en la Escuela Superior de Guerra Naval, la Fuerza Aérea y en la Escuela Nacional de Inteligencia de Perú, y en una veintena de universidades españolas.

Ha sido miembro de diversos grupos de trabajo en el Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional (CESEDEN), la Dirección de Doctrina, Investigación, Orgánica y Materiales del Mando de Adiestramiento y Doctrina del Ejército de Tierra (MADOC), el Centro Conjunto de Desarrollo de Conceptos del Estado Mayor de la Defensa, y el Real Instituto Elcano. En 2021 participó como experto en la elaboración de la Estrategia de Seguridad Nacional.

En 2010 recibió la medalla al Mérito Policial con distintivo azul por su colaboración con la Policía de la Generalitat de Catalunya, en marzo de 2015 se le concedió la Encomienda de Número en la Orden del Mérito Civil, y en junio de 2021 la Cruz al Mérito Militar con distintivo blanco. En marzo de 2022 recibió el premio Serge Lazareff de la NATO Allied Command Operations Office of Legal Affairs.