Los interés científicos del Profesor Hernández Mateo están relacionados fundamentalmente con la Química de Carbohidratos y la Glicoquímica habiendo abordado el estudio de la reactividad y modificación química del los hidratos de carbono y la implementación de nuevas aplicaciones tecnológicas y biotecnológicas basadas en estas biomoléculas. Sus contribuciones recientes mas importantes versan sobre la química de sulfatos cíclicos derivados de carbohidratos, la síntesis y el estudio de la actividad biológica de neogliconjugados multivalentes, el desarrollo y aplicación de nuevos catalizadores homogéneos y no homogéneos magnéticos y no magnéticos para ¿click-chemistry¿, la síntesis y aplicación de nuevos materiales híbridos basados en sílica, la implementación de la química de vinil sulfona como metodología para la bioconjugación, el marcaje y la inmovilización de biomoléculas y para el desarrollo de aplicaciones biotecnológicas basadas en dicho grupo funcional. En la actualidad lleva a cabo también investigaciones sobre la síntesis y actividad biológica de nuevos agentes de transfección específicos no-víricos.